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| 督查中心内设办公室、环境督查一处、环境督查二处、区域协调处等4个机构。各内设机构在督查中心所辖区域内分别承担以下职责： |
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| 负责督查中心人事、财务、党群、外事、文秘、行政后勤等综合管理；负责拟定督查中心内部管理制度和工作规则；拟定督查中心工作计划和总结；负责督查中心值班工作，确保24小时与总局总值班室及环境应急办公室的通畅联系；审核或起草以督查中心名义发出的有关文件和政务信息；负责督查中心内部队伍建设与管理工作；协助中心领导组织协调督查中心日常工作；近期承办督查中心的基建筹建工作。 |
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| 监督地方对国家有关环境保护政策、法规、标准的执行情况；督查重点污染源和国家审批建设项目“三同时”执行情况；督查国家级自然保护区(风景名胜区、森林公园)、国家重要生态功能保护区环境执法情况；承办或参与总局组织的环境保护执法检查工作。 |
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| 参与重、特大突发环境事件的应急响应与处理的督查工作；参与环境应急预测、预警和损失评估工作；负责督查中心参与的重大环境污染事故和省际环境污染纠纷情况通报、联络及信息分转工作；承办重大环境污染与生态破坏案件的查办工作。 |
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| 承办跨省区域和流域重大环境纠纷的协调处理工作；负责跨省区域和流域环境污染与生态破坏案件的投诉受理和协调处理工作；承办或参与环境执法监察稽查工作；承办或参与排污收费稽查工作。 |
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